県民局ごとに管轄が定められています。
申請の手引きを読むか、県民局に問い合わせれば教えてもらえます。
ただし、例えば神戸市が管轄の場合は、神戸市のみで営業する場合は神戸市の許可を取得します。
姫路市、尼崎市など市が許可権者になっている自治体は、同様です。
しかし、神戸市が管轄だが、兵庫県全体で営業する場合(排出先などが県内全域）は、県の許可を取得する必要があります。
神戸市が申請先ではなくなります。
上記の場合、兵庫県はどの県民局に申請してもよいとの扱いをしています。
が、一度申請した県民局が、その後の変更や更新の際の申請先になります。
遠方の県民局を申請先にすると、変更などは郵送でもやりとりできるとして、更新の際などは赴く必要があります。
ご注意ください。